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あくまでもワタクシの環境下ではありますが、書いてみる次第。参考になれば。
Book+ (有料アプリ 450円)
「PDFビュワーとして利用」

一般的なレビューはレビューサイトにお任せするとして([iPad, iPhone] Book+: PDFが「超」読みやすいPDFビューワー。全自炊ユーザーに強烈にオススメ。by appbank)、実際のところレビューまんまでw。自炊したPDFは基本的にこちらに全ておまかせしてます。レビューにないところでいうと、「iCloudにバックアップ」が自分としては嬉しい。iClound自体にももちろん容量入りますが、そこさえクリアすれば予期してない消失の可能性がぐっと下がります。あとPDFに書き込める機能もちょこっと使ってたりします。

i文庫HD(有料アプリ 800円)
「青空文庫+PDFビュワーとして利用」

2年前のレビューですが、どんなアプリというのは変わらないのでレビューサイトをご覧いただくとして([iPad] i文庫HD: 「iPadで読書を始めるならこれ」もっと本が読みたくなる名品!1225)、自分の使い方としては青空文庫がほぼ95%占めてます。koboとかある人はそっちでもですが、青空文庫ビュアーとしてはやはり一番。テキストの電子書籍読書体験は是非このアプリでして欲しいなぁと思ったりします。デフォルトの行間とか、バックグラウンドの色調とか、フォントバランスとか、こだわりが感じられますし、かなり細かく調整できます。後述のストアアプリも、テキストに関してはここまでの域に達成して欲しいなぁ。

Kinoppy
「電子書籍購入の80%」

ここから書店アプリ3本。一番手は一番使っているKinoppy。いろいろ触ってみてのアプリとしては使い勝手No.1。いや、どれもこれも出てきた当初から比べればどれもこれもこなれてきてるので、大きな差はないんですが。アプリからも買えますしね。ただ、一部の出版社はアプリから買えず(androidでは買えます)、ブラウザから書店サイトにアクセスして購入して同期という手間があります。あと、この時点で、まだ小学館系が買えない。はやくでませんかねぇ。

Book☆Walker
「角川系ならばここが一番」

ポイントバックとかキャンペーンとかがとにかく充実。この前の「新世紀エヴァンゲリオン」キャッシュバックキャンペーンでは半額で過去作をまとめて購入できました。ありがとうございます。あとはですね、アプリ関係なくな部分はありますが、フェローズ系とか、その昔の角川系のコミックとか(ファイブスターはよはよ)、そもそも90年代のスニーカー文庫とかですね、まだまだ電子化されてないのたくさんなので、よろしくお願いする次第なのです。横溝正史はいつか大人買いします。

Kindle
「そのうちここから買うのが多くなるのか・・・?」

個人の状況として、Kindleじゃなきゃ買えないのは小学館系だけなので、まだそんなに使ってないのですが、ただ、1-clickでブラウザから買えちゃうのはホント便利。。。うん、アプリはただのビュワーで「買えない」んですよね。こればっかりはどうにもならないんだろうなぁ。とはいえ、アプリとは違う話ですが、amazonで書籍販売ページに「Kindle化リクエスト」ボタンがあるのは大きい。リクエストボタン押しまくり。これ、アプリにも早く搭載して欲しいですね。

■ほぼ使ってないiBooks
iTunesに入れれば同期できるんですが、アプリ自体が重いですし、ビュワーとしては実力不足。ラインナップが増える兆しすら感じないですしねぇ。とはいえ、これもiTunesから買えるようになると、また世界が変わってくるとは思います。